Bantuan ODA Jepang di Indonesia dimulai dari tahun 1954, dalam bentuk penerimaan trainee untuk mendapatkan pelatihan di bidang industri, komunikasi transportasi, pertanian dan kesehatan. Bantuan ODA Jepang yang telah memberikan kontribusi besar melalui di bidang pengembangan SDM, pembangunan infrastruktur sosial ekonomi. Misalnya, pada saat krisis ekonomi melanda Asia sejak Agustus 1997, Jepang membantu Indonesia yang sedang berusaha keluar dari krisis dalam bentuk pinjaman khusus, perpanjangan kewajiban pembayaran, dukungan strategi pemerintah, dan lain-lain. Begitu pula ketika gempa besar dan tsunami dari lautan Hindia melanda pulau Sumatra pada Desember 2004, Jepang menyediakan dana rekonstruksi dan rehabilitasi untuk korban bencana sebesar 640 juta US Dollar.

Selama ini, secara kumulatif, bantuan Jepang kepada Indonesia berjumlah 29,5 milyar US Dollar (total kumulatif sampai tahun 2006), oleh karena itu, bagi Indonesia, Jepang adalah negara donor terbesar, demikian juga bagi Jepang, Indonesia adalah negara penerima bantuan terbesar. Dengan latar belakang inilah, Jepang dan Indonesia telah memupuk persahabatan selama setengah abad, kedua negara ini telah menjadi mitra penting secara timbal balik.