注： 「年度」は、日本政府の会計年度（4月1日から翌年3月31日まで）。

日本NGO連携無償資金協力は、政府開発援助による我が国のNGO支援強化のための従来のスキーム（草の根無償資金協力（当時の名称）のうち日本のNGOを対象とするもの、及び日本のNGOに対して実施されてきたNGO緊急活動支援無償）を統合の上、平成14年度に創設された。（参考：日本外務省ホームページ「日本ＮＧＯ連携無償資金協力～申請手引き～」）