日本のインドネシアに対する経済協力は、1954年工業、運輸通信、農業、保健といった分野で研修員受け入れにより開始しました。

日本の経済協力は、人材育成や経済社会インフラの整備などを通じてインドネシアの開発に大きく寄与してきました。日本の経済協力は、インドネシアが好調な時期も困難な時期も供与され続けてきました。例えば、1997年8月以降のアジア経済危機の際に日本は、特別円借款や債務繰延、政策支援などの支援を提供し、インドネシアによる危機克服を支援しました。また、2004年12月のスマトラ沖大地震・インド洋津波による被害からの復興のために、日本は、6億4千万米ドルの支援を供与しました。

インドネシアにとって日本は最大の援助国であり、日本はインドネシアに対しこれまで累計で295億米ドルの支援を行っています（2006年までの累計）。また、日本にとってもインドネシアは最大規模の援助の供与相手国となっています。このような状況の背景には、インドネシアと日本が過去半世紀にわたって友好関係を維持し、互いに重要なパートナーであることがあります。