Pada saat ini sekitar 2000 siswa Indonesia tengah melanjutkan pendidikannya di Jepang. Dari jumlah tersebut, sebagian besar adalah mereka yang menerima beasiswa, baik dari pemerintah Jepang, instansi maupun perusahaan lainnya. Beasiswa Pemerintah Jepang yang cukup dikenal oleh masyarakat Indonesia adalah beasiswa dari Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Olah Raga, Ilmu Pengetahuan dan Teknologi Jepang (Monbukagakusho/ MEXT). Beasiswa ini meliputi biaya studi dan biaya hidup, tanpa ikatan apapun.
    Kedutaan Besar Jepang di Indonesia dan Konsulatnya di Surabaya, Medan dan Makassar setiap tahun melaksanakan pendaftaran dan penyeleksian bagi para peminat beasiswa Monbukagakusho. Adapun program-program yang ditawarkan kepada siswa Indonesia adalah Program Research Student bagi lulusan perguruan tinggi, Undergraduate, College of Technology dan Professional Training College bagi lulusan SLTA dan Japanese Studies bagi mahasiswa program studi Jepang serta Teacher Training bagi guru.