1. “Perlengkapan Pengamanan di Bandar-bandar Udara Utama dan Fasilitas Pelabuhan”
   (¥ 747 juta, sekitar US$ 6,91 juta atau Rp 62,0 milyar)

2. “Pasok Air Bersih untuk Daerah Pedalaman di Propinsi Nusa Tenggara Barat dan Nusa Tenggara Timur”
   (¥ 223 juta, sekitar US$ 2,06 juta atau Rp 18,5 milyar)

3. “Rehabilitasi Unit 3 dan Unit 4 Pusat Listrik Tenaga Uap Gresik”
   (¥ 1985 juta, sekitar US$ 18,36 juta atau Rp 164,8 milyar)

4. “Perbaikan Fasilitas Riset untuk Pelestarian Keanekaragaman Hayati dan Penggunaannya”
   (¥ 2172 juta, sekitar US$ 20,09 juta atau Rp 180,3 milyar)

1. Perlengkapan Pengamanan di Bandar-bandar Udara Utama dan Fasilitas Pelabuhan

   Pemerintah Indonesia telah mengambil semua langkah yang perlu untuk mencegah terjadinya kembali serangan teroris seperti bom Bali tahun 2002, dan telah mengumumkan pendiriannya yang tegas dalam menghadapi terorisme guna mendapatkan kembali kepercayaan dunia internasional terhadap Indonesia.

   Proyek ini akan memperbaiki berbagai fasilitas pengamanan di bandar-bandar udara dan pelabuhan-pelabuhan laut utama di Indonesia, dengan memberikan peralatan pengamanan seperti sistem pemeriksaan sinar-X, detektor logam, detektor bahan peledak, dan/atau sistem CCTV untuk Bandar Udara Soekarno-Hatta, Denpasar serta 5 bandar udara lainnya, dan 3 pelabuhan laut, yaitu Tanjung Priok, Tanjung Perak dan Batam. Selain pemberian komponen perangkat keras, proyek ini juga mencakup pemberian komponen perangkat lunak, seperti tinjauan kembali terhadap sistem pengamanan, pelatihan personel pengamanan dan pengiriman tenaga ahli. Semuanya dimaksudkan untuk memperkuat sistem pengamanan secara menyeluruh di bandar-bandar udara dan pelabuhan-pelabuhan laut.

2. Pasok Air Bersih untuk Daerah Pedalaman di Propinsi Nusa Tenggara Barat dan Nusa Tenggara Timur

   Pemerintah Indonesia, guna memperbaiki lingkungan sanitasi untuk rakyat ,menempatkan pasok air bersih sebagai salah satu dari prioritas pembangunan yang paling penting dalam PROPENAS 2000-2004. Di propinsi Nusa Tenggara Barat (NTB) dan Nusa Tenggara Timur (NTT) hanya sekitar separuh rakyat yang dapat memperoleh air bersih, dan tingkat mortalitas (kematian) anak-anak cukup tinggi. Proyek ini akan membangun sistem pasok air dan memperkokoh staf kantor daerah dari Departemen Pekerjaan Umum, melalui rencana komponen perangkat lunak di NTB dan NTT, dan akan memasang fasilitas pasok air bersih bagi penduduk sebanyak sekitar 24.000 orang di 6 desa sampai tahun 2011.

3. Rehabilitasi Unit 3 dan Unit 4 Pusat Listrik Tenaga Uap Gresik

   Unit 3 dan Unit 4 dari Pusat Listrik Tenaga Uap Gresik merupakan fasilitas pembangkit listrik dengan tenaga uap, masing-masing dengan output (keluaran) terukur (rated) sebesar 200 MW. Pembangunan unit-unit ini dibiayai pinjaman Yen dan Unit 3 mulai beroperasi secara komersial pada bulan Agustus 1988 dan Unit 4 pada bulan Oktober pada tahun yang sama. Pusat pembangkit tenaga listrik ini juga mempunyai sumber pasokan dari Unit 1 dan Unit 2 yang juga dibangun dengan pinjaman Yen, serta tiga combined cyle units, maka Pusat Listrik Tenaga Panas-bumi Gresik memiliki output total sebesar 2.178 MW sehingga menjadi fasilitas pokok dalam sistem tenaga listrik Jawa-Bali.

   Akan tetapi, sekitar 16 tahun telah berlalu sejak Unit 3 dan Unit 4 dibangun, beberapa fasilitas pun sudah menjadi rusak termakan waktu. Khususnya, turbin-turbinlah yang paling cepat memburuk keadaannya daripada biasanya akibat garam yang terbawa uap. Pada bulan September 2003, output operasi maksimum yang dapat dihasilkan adalah 162 MW di Unit 3 dan 172 MW di Unit 4.

   Proyek ini akan memulihkan output dan memperbaiki efisiensi panas-bumi dari unit-unit tenaga listrik yang de-rated. Juga diharapkan tercapainya peningkatan keterandalan dari operasi unit-unit tenaga sehingga memberi andil bagi stabilnya operasi sitem tenaga listrik Jawa-Bali.

4. Perbaikan Fasilitas Riset untuk Pelestarian Keanekaragaman Hayati dan Penggunaannya

   Keanekaragaman hayati yang paling kaya di dunia terdapat di Indonesia. Akan tetapi, keanekaragamannya yang kaya terancam pembangunan ekonomi yang berjalan pesat, lemahnya penegakan hukum dan tata-pemerintahan, sementara hewan-hewan dan tanaman-tanaman langka juga terancam punah. RCB (Research Center for Biology)dari LIPI (Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia), merupakan salah satu dari lembaga-lembaga utama di bidang pelestarian keaneka-ragaman hayati. Pusat penelitian ini memiliki jumlah specimen terbesar di Asia Tenggara, namun kini fasilitas-fasilitas sudah semakin tua dan kondisi specimen-spesimen yang secara akademis sangat berharga itu juga dikhawatirkan menjadi semakin memburuk.

   Pemerintah Jepang telah memberikan dukungan yang menyeluruh kepada Pemerintah Indonesia untuk pelestarian keanekaragaman hayati. Pada tahun 1995 dan 1996, melalui Proyek Bantuan Hibah “Biodiversity Conservation Project” (proyek pelestarian keaneka-ragaman hayati), Pemerintah Jepang mendirikan Center for Zoology (Pusat Ilmu Hewan) dari RCB di Cibinong, Nature Conservation Information Center (pusat informasi pelestarian alam) di Bogor, dan berbagai fasilitas manajemen Taman Nasional Gunung Halimun. Kemudian, JICA (Japan International Cooperation Agency ? badan kerjasama internasional Jepang) mengadakan sejumlah proyek kerjasama teknik, seperti “Biodiversity Conservation Project Phase 1 & 2” (1995-2003) dan “The Gunung Halimun-Salak National Park Management Project (2004-2009)”.

   Proyek Bantuan Hibah yang baru ini akan mendirikan sejumlah fasilitas penelitian untuk Divisi Botani dan Mikrobiologi dari RCB di Cibinong dan merampungkan kompleks pusat keanekaragaman hayati (Zoology, Botany, Microbiology). Kompleks ini diharapkan dapat berlaku sebagai lembaga inti, baik untuk dalam negeri maupun secara regional.